Белки — не статичные молекулы, а динамичные системы, меняющие форму в зависимости от среды и функций. Ученые расширили возможности AlphaFold3, чтобы получать не одну, а целый набор возможных конфигураций белков. Об этом сообщает elama.ru. Эту информацию сообщает сайт Pro Город Пермь.
AlphaFold от DeepMind произвел революцию в структурной биологии, предсказывая трехмерную структуру белка по аминокислотной последовательности. Но система выдавала лишь одну, самую вероятную структуру, хотя в реальности белки существуют в виде множества состояний.
Новый метод использует AlphaFold3 как основу для генерации структур, дополняя их экспериментальными данными — результатами ядерного магнитного резонанса и рентгеновской кристаллографии. Это позволяет восстановить ансамбль белковых форм, согласованный с лабораторными наблюдениями.
Такие ансамбли отражают конформационную изменчивость белков, которую стандартные предсказания не учитывали. В ряде случаев они лучше соответствуют экспериментальным данным, чем структуры из базы Protein Data Bank, и позволяют быстрее получать ЯМР-ансамбли по сравнению с традиционными методами.
Для фармацевтики это особенно важно: лекарства взаимодействуют не с одной формой белка, а с целым набором его состояний. Новый метод точнее учитывает эти особенности и может повысить эффективность разработки лекарств.